Pour un fonctionnement efficace de cette assemblée, le département a été divisé selon les neuf bassins de formation de l’Éducation Nationale. Le partenariat de l’Inspection Académique donne une dimension pédagogique au projet et la Fédération des Amis de l’Instruction Laïque, association complémentaire de l’École, assure la dimension citoyenne et l’organisation matérielle. Le conseil général des collégiens se réunit en assemblée plénière à l’Hôtel du Département et en réunions de travail par bassin, et ce par année scolaire.